Zum europäischen Schutzgebietsnetz Natura 2000 zählen mehr als 25.000 Flächen, von denen sich 19 in Unterfranken befinden, die speziell Vögeln gewidmet sind. Von der Bayerischen Hohen Röhn über die Dianenlust bis zum Ortolangebiet um Erlach und Ochsenfurt soll dadurch sichergestellt werden, dass die verschiedensten Arten möglichst ungestört leben und brüten können – vor allem wenn es um gefährdete Spezies geht.
Schweinfurter Becken und nördliches Steigerwaldvorland
Bestehend seit 2006 setzt sich dieses Schutzgebiet teilweise aus älteren Schutzzonen wie der Volkacher Mainschleife zusammen. Das Areal zeichnet sich durch Kulturlandschaften mit langen Vegetationsperioden und Wassermangel aus, dennoch haben hier einige Vogelpopulationen ein Zuhause gefunden: 14 Arten, darunter der Rotmilan, der Trauerschnäpper und der Kuckuck fühlen sich in dem Lebensraum wohl – wenn auch manchmal nur vorübergehend, denn es finden sich auch Zugvögel unter den geschützten Arten. Zwar ist die Bevölkerungsdichte in diesem Areal verhältnismäßig hoch, aber auf einer Fläche von etwas über 32 Quadratkilometern finden die Tiere dennoch genug Ruhe, nicht zuletzt, weil das Schweinfurter Becken und das nördliche Steigerwaldvorland von weiteren Vogelschutzgebieten umringt sind, die im Notfall ein Ausweichen ermöglichen.
Truppenübungsplatz Hammelburg
Eher ungewöhnlich für ein Schutzgebiet, aber dennoch als ein solches klassifiziert, ist der Truppenübungsplatz Hammelburg. Der größte Teil des etwa 4000 Hektar großen Areals ist tatsächlich den Vögeln zugeschrieben: Kalkmagerrasen, Buchen- und Eichenwälder sowie Zwergstrauchheiden bilden einen großen Biotopkomplex für Standvögel wie den Schwarzspecht oder die Heidelerche. Aber auch hier sind verschiedene Zugvogelarten beheimatet, so zum Beispiel der Baumpieper, der Wendehals oder das Schwarzkehlchen.
Maintal zwischen Schweinfurt und Dettelbach
Bei diesem Gebiet handelt es sich um einen langgestreckten Abschnitt des Mainufers, unterbrochen nur auf Höhe des Schweinfurter Hafens. Erstmals 2006 unter Schutz gestellt, wurde das Areal 2017 erneut als Vogelschutzgebiet klassifiziert, weil sich die gesetzlichen Bestimmungen geändert hatten. Ähnlich dem Schweinfurter Becken und dem nördlichen Steigerwaldvorland besteht auch diese Region aus mehreren älteren Schutzzonen wie der Elmuß und dem Garstadter Holz. Bewohnt wird es von insgesamt 107 Vogelarten, von denen 35 auf der bayerischen Roten Liste stehen, also gefährdet sind. Besonders die vielfältige Gewässerausstattung des Gebietes bietet optimale Bedingungen für Erhalt und Wiederherstellung von Nistplätzen. Dies kommt unter anderem dem Wachtelkönig, dem Eisvogel, dem Kiebitz und dem Graureiher zugute.
Südliches Steigerwaldvorland
In das Vogelschutzgebiet Südliches Steigerwaldvorland wurden vor allem Flächen aufgenommen, die von Wäldern oder Einzelbäumen dominiert sind, in denen Eichen und Buchen vorherrschen. Das Areal liegt größtenteils im Landkreis Kitzingen und besteht seit 2006. Abseits der ausgedehnten Waldflächen finden sich auch größere Flugsandgebiete und Kulturlandschafts-Flächen in der stark ackerbaulich geprägten Zone. Hier besteht der bayernweit stärkste Verbreitungsschwerpunkt des auch „Gartenammer“ genannten und als stark gefährdet eingestuften Ortolans. Aber auch Spechte, Neuntöter und der Wespenbussarde sind hier zu Hause.